대검찰청 세월호 참사 특별수사단이 제기된 의혹에 대부분 무혐의 처분을 한 채 수사 활동을 끝낸 것과 관련해 수사를 의뢰했던 사회적참사 특별조사위원회 측은 "사회적으로 잘못된 메시지를 남겼다"고 지적했다.

박 국장은 "특수단이 면죄부를 주려고 했다고까지 생각하고 싶지는 않다"면서도 "향후 공권력이 생명 징후가 없어 임의로 시신 처리를 했다고 해도 처벌 받지 않는다는 위험한 메시지를 주는 것"이라고 거듭 강조했다.

박 국장은 국군기무사령부와 국가정보원의 유족 사찰 의혹이 무혐의 처리된 데 대해서도 "사찰 행위는 인정되나 피해자를 도감청ㆍ미행ㆍ해킹한 증거가 없다는 특수단의 설명은 앞으로도 미행ㆍ도감청 등을 증명해 내지 못하면 사찰 행위로 보지 않는다는 뜻"이라며 "상식선에서 이해가 안 가는 판단"이라고 비판했다.