전국에서 유일하게 자치경찰 이원화 체계가 적용된 제주도에서 7월 자치경찰제 전면 시행을 앞두고 국가경찰과 기존 제주자치경찰이 신경전을 벌이고 있다.

조례 내용 중 자치경찰위 사무국 전체 정원 20명 중 제주자치경찰 몫이 8명인 데 반해 국가경찰은 3명뿐인 것은 형평성에 맞지 않다는 입장이다.

제주경찰청은 또 자치경찰위가 자치경찰사무를 정할 때 '제주경찰청장 의견을 들을 수 있다'라고 임의 규정으로 둔 것도 문제 삼고 있다.